Надо понять, что произошло при вводе заказа (сбой при записи в базу?).

Весь заказ целиком - пациент + услуги + платеж + заявка пишутся одной транзакцией.
С «расслаиванием» транзакции в Firebird не сталкиваются никогда, и никогда в литературе такие факты не упоминались.

Есть еще одна «точка» проверки - служебный лог оплаты - к нему есть доступ из редактора безопасности - «дневник». Он пишется в той же транзакции - самым последним SQL запросом, а в файле strtprj.plog пишется строка о платеже - «оплата - сумма» - это пишется вне транзакции - сразу после commit на том компьютере, где был оформлен отложенный платеж.
Если «хвосты» остались - заявка точно была создана, но потом уничтожена.

Судя по описанию ситуации - такое «бесследное уничтожение» возможно только если пришла из ЛИС команда удаления заявки с оплаченными услугами - выглядеть это будет именно так, как описано, но с таким давно не сталкивались - эту команду в ЛИС убрали года два назад, хотя из нашего модуля интеграции она не убрана.